沪港通将设有额度，控制跨境资金流的初期速度及规模。额度包括两个部分，每日额度及总额度。每日额度为在沪港通计划下，每日沪股最高买盘净额，每日额度将会在交易时段内实时计算。额度使用实行先到先得原则，额度使用量以“净买盘”计算，即买盘总额减去卖盘总额的净额。
总额度，指通过沪港通流入内地股市的最高资金总额。计划推出初期，北向买卖沪股，即沪股通的每日额度为130亿元人民币，总额度为3000亿元人民币。若总额度的余额少于每日额度的130亿元人民币，沪股通当天将不再接受新买盘订单。不过，卖盘将不受限制，香港及海外投资者仍可以卖出他们手上的A股。
若因卖盘成交而令总额度余额回复至高于每日额度的130亿元人民币水平，沪股通将于随后的交易日恢复接受买盘。香港交易所将于香港交易所网站刊发有关额度余额的最新资料。