周三（9月16日），A股早盘于3000点位置震荡盘整，14：00左右开始拉升，一举突破十日、五日均线，涨幅最高接近6%至3182点，最终收于3150点上方，两市再现千股涨停。截至收盘，上证综指上涨4.89%，收报3152.26点；深证成指上涨6.45%，收报9890.43点；创业板指大涨7.16%，收报1926.25点，创历史最大单日涨幅。两市共有约1100只非ST股涨停，全天成交金额5659亿元。
股指期货方面，截至收盘，沪深300主力IF1509报3304.8点，涨幅为5.60%；上证50主力IH1509报2243.6点，涨4.52%；中证500主力IC1509报6050.8点，上涨6.76%。升贴水方面，期指走势强于现货，贴水持续收窄，IH主力变为升水。IF1509贴水4.45点，IH1509升水1.65点，IC1509贴水34.04点。
当天，沪深两市净流入资金244.16亿元。其中，1847家上市公司获资金净流入，478家上市公司获资金净流出。中小板综指资金净流入43.51亿元，创业板综指资金净流入338.67亿元，沪深300资金净流入64.72亿元。沪股通方面，截至A股收盘，沪股通净买入19.04亿元，每日130亿限额还剩下110.96亿元，使用率为15%。截至周二（9月15日），A股融资融券余额为9356.03亿元，较前一交易日的9564.23亿元减少208.2亿元。当日，沪深两市融资买入额为449.82亿元，前一交易日为615.13亿元；融资偿还额为656.58亿元，前一交易日为899.59亿元。投保基金最新数据则显示，上周（9月7日至9月11日），证券保证金净流出846亿元，为连续第二周净流出。上周证券交易结算资金银证转账增加额为5655亿元，减少额为6501亿元，日均余额为2.54万亿。
业内人士认为，A股9月16日出现的强劲反弹，可能与场外配资的清理政策发生变化有关。据悉，券商对于账户背后涉嫌存在配资行为的单一结构化信托或资管计划，将不再采取“一刀切”的清理方式，取而代之的则是将原有的第三方交易端口取消，并重新桥接券商自身的端口进行交易。
当天最令人震惊的消息则来自于中纪委。中央纪委监察部网站公告称，中国证监会主席助理张育军涉嫌严重违纪，目前正接受组织调查。资料显示，1995年底，张育军调任深交所副总经理，1997年又回到证监会，先后担任证监会副秘书长、外事部主任、政策研究室副主任。从2000年开始，张育军担任深交所总经理，直到2008年深交所总经理由宋丽萍担任，张育军被调往上交所担任总经理。2012年9月，张育军从上交所总经理调任证监会担任主席助理一职，分管“大机构”即机构部、基金部、期货二部。张育军是迄今国内唯一执掌过内地两大证券交易所帅印的人物。